Nacido en Horhausen, Höffner asistió al seminario de Friburgo y la Universidad Pontificia Gregoriana de Roma antes de ser ordenado sacerdote por el cardenal Francesco Marchetti-Selvaggiani el 30 de octubre de 1932. Terminó sus estudios en 1934, y luego hizo trabajo pastoral en Trier hasta 1945 Después de enseñar en el seminario Trier durante seis años, Höffner fue nombrado a la Universidad de Münster en 1951 y fue el fundador, director y profesor del Instituto de Ciencias Sociales cristianas en Munich desde 1951 hasta 1961, y fue también asesor científico de tres ministerios de la República Federal.
El 9 de julio de 1962, Höffner fue nombrado obispo de Münster. Recibió su consagración episcopal el siguiente 14 de septiembre de obispo Matthias Wehr, con los Obispos Heinrich Baaken y Heinrich Tenhumberg servir como co-consagrantes. Höffner asistió al Concilio Vaticano II, 1962-1965, y fue promovido a arzobispo coadjutor de Colonia y Arzobispo titular de Aquileia, el 6 de enero de 1969 Sucedió a Josef Frings como arzobispo de Colonia, el 24 de febrero de ese mismo año.
Höffner fue creado cardenal-sacerdote de S. Andrea della Valle por el Papa Pablo VI en el consistorio del 28 de abril de 1969 De 1976 a 1987, fue Presidente de la Conferencia de los obispos alemanes y por lo tanto el máximo representante de la Iglesia Católica en Alemania. El prelado alemán fue uno de los cardenales electores que participaron en los cónclaves de agosto y octubre de 1978, que seleccionó el Papa Juan Pablo I y Juan Pablo II, respectivamente. Höffner renunció como arzobispo de Colonia, el 14 de septiembre de 1987, después de un período de diecisiete años.
